Bagian Administrasi dan Keuangan Sekretariat Daerah Kota Yogyakarta mempunyai satu program, yaitu Program Penunjang Urusan Pemerintahan Daerah Kabupaten/Kota. Program tersebut memuat tujuh kegiatan sebagai berikut.

1. Penganggaran, dan Evaluasi Kinerja Perangkat Daerah.
2. Administrasi Keuangan Perangkat Daerah.
3. Administrasi Barang Milik Daerah pada Perangkat Daerah.
4. Administrasi Umum Perangkat Daerah.
5. Pengadaan Barang Milik Daerah Penunjang Urusan Pemerintah Daerah.
6. Penyediaan Jasa Penunjang Urusan Pemerintahan Daerah.
7. Pemeliharaan Barang Milik Daerah Penunjang Urusan Pemerintahan Daerah.