11 November 2020, Peraturan Walikota Nomor 93 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Sekretariat Daerah diundangkan dan mencabut Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 2 Tahun 2019 tentang Susunan Organisasi, Kedudukan, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah Kota Yogyakarta. Bersama dengan diundangkannya peraturan tersebut, bagian-bagian yang ada pada Sekretariat Daerah dirombak serta lahirlah Bagian Administrasi dan Keuangan. Pada tahun-tahun sebelumnya, sebelum diundangkannya Peraturan Walikota tersebut, Bagian Administrasi dan Keuangan belum ada, masih menjadi bagian dari Bagian Umum.

Berdasarkan Peraturan Walikota Nomor 93 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Sekretariat Daerah , Bagian Administrasi dan Keuangan terdiri dari 3 Sub Bagian yaitu :

  1. Subbagian Perencanaan Evaluasi dan Pelaporan Sekretariat Daerah;
  2. Subbagian Keuangan Sekretariat Daerah; dan
  3. Subbagian Administrasi Umum.

Seiring dengan berjalannya waktu, pada tanggal 30 November 2021 Peraturan Walikota Nomor 93 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Sekretariat Daerah dinyatakan dicabut dan tidak berlaku. Peraturan Walikota tersebut digantikan dengan Peraturan Walikota Nomor 92 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Sekretariat Daerah. Bersamaan dengan itu sub bagian dari Bagian Administrasi dan Keuangan juga berubah mengikuti peraturantersebut dan peraturan terbaru mengenai Eselon IV, sehingga Bagian Administrasi dan Keuangan terdiri dari :

  1. Kelompok Substansi Perencanaan Evaluasi dan Pelaporan Sekretariat Daerah;
  2. Subbagian Keuangan Sekretariat Daerah; dan
  3. Subbagian Administrasi Umum.